祖母绿矿床的形成需要有富硅、铝、铍且有镁、铬、钒等元素供应的地质相关条件，而这又与含矿母岩、围岩和矿床建造条件有着密不可分的联系。根据以上三种可以现主要将祖母绿矿床分为热液型、气成热液型和伟晶岩型三种矿床类型。
低温低压卤水热液型 哥伦比亚产出了许多高品质的祖母绿，这与其矿床成因有关。相比于其他两种矿床，该类型矿床通常形成于低温低压条件下。该类型矿床是由于方解石渗透到灰岩或者页岩的断裂中所形成，多集中岩体褶皱应力部位，尤其多产于背斜的倾伏端。深部酸性岩浆的构造活动是该种类型矿床的主要原因，岩浆分异作用形成的低温热液侵入到地表的沉积岩缝隙中，富含成矿元素的热液浸蚀出了围岩中的致色离子，从而成祖母绿。因为侵位较浅，所以其成矿温度一般不太高，在180℃左右。
气成热液型 大部分祖母绿矿床的成因都是气成热液型，该成因的祖母绿矿床广泛分布于大多数祖母绿出产国家，比如印度、巴基斯坦、津巴布韦、坦桑尼亚、澳大利亚等，但该矿床产出的优质祖母绿占比重较小。
气成热液型的祖母绿矿床中，祖母绿主要以斑晶形式分布在云母、滑石、绿泥石等片岩岩脉中。酸性岩浆侵入到岩体中，致使矿物发生变质作用，原有的绿柱石被分解，逐渐转移到云母片岩中，并重新结晶。气成热液型成矿温度在400℃左右。
伟晶岩型 产祖母绿的伟晶岩分为岩浆、变质伟晶岩两种。岩浆伟晶岩又包括含有稀有或铬镁元素形成的长石伟晶岩，一般处于侵入体的顶端、边缘或裂隙中。伟晶岩床主要产生在强烈褶皱带和花岗岩侵入发育区，因此在强烈的构造作用下，围岩发生变质作用形成变质岩，且影响了岩浆岩中矿物的形成，最终形成了祖母绿。该类型矿床形成温度主要在200℃-600℃之间。我国的祖母绿矿床既是这种类型。
