研究证明，菌群构成的变动会引发某些慢性病，导致消化功能紊乱，甚至造成肥胖症。难道除了先天遗传和生活方式，细菌也会影响体重的增减吗? 华盛顿大学研究小组完成的两项研究就倾向于这一结论。第一项研究显示，在肥胖症患者肠内的菌群中，厚壁菌门的细菌占主导地位。而当患者变瘦时，厚壁菌门细菌减少，代之而起的是一类拟杆菌门的细菌，但其中机制尚不明朗。更惊人的还要数第二项研究：将肥胖症小鼠的肠内菌群转移到苗条的小鼠身上后，后者竟然也长胖了！的确，厚壁菌门细菌能够提高个体摄取卡路里的能力，对小鼠粪便的热量测量似乎也证实了这一点。
还不止这些。另外一些疾病，如哮喘、过敏，还有自免疫疾病，可能同样也是细菌作祟。纽约大学医学院的研究人员就持这一观点。在他们看来，一些病原体，如引起溃疡和胃癌的幽门螺杆菌，也能成为有益菌。好几项研究表明，这种细菌可能具有抵御儿童哮喘、花粉及霉菌过敏，甚至某些食道癌的作用。幽门螺杆菌的存在也可能与由另一种细菌结核分歧杆菌引起的潜伏肺结核有关。
