霉菌是丝状真菌的俗称，意即“发霉的真菌”。真菌拥有完整的细胞核，酵母菌、曲菌、青霉菌都属于真菌。我们日常吃的蘑菇，还有中药材冬虫夏草、灵芝等则属于大个头真菌。而乳酸菌、大肠杆菌，因为没有完整的细胞核，所以都属于细菌家族。
米曲霉是一种真菌，是制作酱油、美酒、调味酱等食品的关键菌种。菌落生长快，质地疏松，初白色、黄色，后变为褐色至淡绿褐色。其稳定性高,能耐受较高的温度,广泛应用于食品、医药及饲料等工业中，并已被安全地应用了1 000多年。它们生产的蛋白酶、淀粉酶、糖化酶、纤维素酶、植酸酶等复合酶，能够通过发酵作用，将原本新鲜却寡淡的食物变得香醇浓厚、美味诱人，堪称调味发酵万能菌。在淀粉酶的作用下，将原料中的直链、支链淀粉降解为糊精及各种低分子糖类，如麦芽糖、葡萄糖等；在蛋白酶的作用下，将不易消化的大分子蛋白质降解为蛋白胨、多肽及各种氨基酸，而且可以使辅料中粗纤维、植酸等难吸收的物质降解，提高营养价值、保健功效和消化率。酱油制曲过程的实质就是要创造米曲霉生长的最适宜条件，保证米曲霉充分发育繁殖，分泌出酿造酱油所需的各种酶类。所以制曲原料的选择、处理和配比要严格把关。由于它在日本酒和风味调料中不可或缺，还被霸气地称为日本的“国菌”!
豆汁、臭豆腐这些发酵食物号称闻起来臭，吃起来香，但并不是谁都能消受得了的，许多强悍的人以喜食它们为荣。不过和一些“极品”发酵食品相比，臭豆腐的味道根本不值一提。首先登场的“臭食品”是爱斯基摩人的Kiviak，将几十只海燕塞入海豹尸体内，再埋入土中发酵3年，味道可想而知。若按气味浓烈程度排名，KiViak只能在“臭食品”中排名第四。第三名是英格兰的罐装乳酪，第二名是朝鲜腌虹鱼发酵剌身，其味道强烈度是纳豆的14倍。而世界第一臭的发酵食物，是瑞典的腌鲱鱼罐头。
瑞典腌鲱鱼是一种散发着恶臭、味道偏酸的罐装食品。每年4~6月鲱鱼产卵的时候，渔民们打捞起数百吨鲱鱼，为腌制鲱鱼准备好原料。腌制鲱鱼的独特之处在于自然发酵。据说，这套腌制鲱鱼的工艺已经流传了近300年。它们都是利用一类称为芽胞杆菌的细菌发酵而成。特别是那种腌鲱鱼罐头，罐装之前不灭菌，因此装罐后发酵过程仍然继续，以至于最后罐头的金属皮都被细菌代谢气体胀得七扭八歪。老道的食客总是把鲱鱼罐头置于水中后再打开,这样可以防止罐内恶臭的气体突然散出,还可避免浓稠恶臭的汁液四处喷溅。通常情况下,鲱鱼罐头只能储存18个月,否则罐内气压会因芽胞杆菌的发酵而越来越高,有可能发生爆炸。芽孢杆菌在恶劣环境下便会形成芽胞，熬过缺衣少食的年景，待到条件合适便再度萌发。空气中有大量细菌的芽孢。因此当我们制作发酵食品时，细菌们本是不请自来的，只要控制好环境，它们就开始萌发工作。
大肠杆菌是与我们日常生活关系非常密切的一类细菌，属于肠道杆菌大类中的一种。在婴儿刚出生的几小时内，大肠杆菌就经过吞咽在肠道内定居了。形如水母的大肠杆菌长袖善舞，不时挥动着自己的“触手”。椭圆的身体拖着几根细丝，这种细丝被称为“鞭毛”。正常情况下，大多数大肠杆菌是非常“安分守己”的，它们不但不会给我们的身体健康带来任何危害，反而还能竞争性抵御致病菌的进攻，同时还能帮助合成维生素B和K2，与人体是互利共生的关系。大肠杆菌主要在肠道中大量繁殖，几乎占粪便干重的1/3。大肠杆菌是现代生物学中研究最多的一种细菌，作为一种模式生物，其基因组序列已全部测出。此外，在生物工程中，大肠杆菌被广泛用于基因复制和表达的宿主。很多大肠杆菌对人体并无大害，但大肠杆菌O157：H7非常不厚道，这一型的大肠杆菌会释放一种强烈的毒素，并可能导致肠管出现严重症状，如带血腹泻。它可以引起严重的食物中毒，甚至危及生命。2011年6月，德国爆发大范围的大肠杆菌疫情，造成22人死亡，2 200人住院治疗。不过，O157：H7和普通细菌一样惧怕高温，只要食品温度在75℃以上即不会致病。因此食物加热灭菌不可马虎。
